在模型构建阶段，建模者使用数学方法量化概念模型，并使用计算机软件建立地下水模型。选择恰当的建模软件平台，确定模型区及离散方式，完成初始条件的设定及模型参数的赋值。该阶段的模型构建方式直接影响到模型校准和后续的预测过程。