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文件菜单
文件菜单是EnviFusion与外界沟通数据的主要途径。
打开
点击“打开...”菜单打开一个数据文件，若打开操作成功，将作为一个输入图层出现在图层面板中。点击打开时弹出如下对话框。
目前EnviFusion支持的输入文件类型包括：
ASCII编码类文本文件：后缀如csv，txt，dat，xyz等。这些文件应具有完整的表格结构，一般要求第一行为表头，其它行为数据。分隔符一般应为逗号、空格、或Tab键，若有特殊分隔符应在读取文件时做相应说明。
带有时间标记的文本文件（csvt后缀）：这是EnviFusion的内置文件格式，与csv文件类似，即以逗号分隔的表格文件。但要求数据中必须有一列为数值类的时间字段，用来标识数据体的时间特征。
EnviFusion数据文件（efd后缀）：这是EnviFusion的内置文件格式，用来保存当前图层中的所有空间类数据。每个efd文件一般对应一个同时生成的数据文件夹，以.data结尾。如果用户修改了此文件夹，将会造成不可逆的数据损失。
EnviFusion工程文件（efp后缀）：这是EnviFusion的内置文件格式，用来保存当前内存中的整个工程。
GIS矢量文件：常见的空间地理矢量文件，如ArcMap的shp文件、AutoCAD的dxf文件、Adobe的pdf文件等。由于第三方软件更新迭代较快，若此类文件读取中出现错误，可以考虑将数据转换为更为基础的文件类型，如txt类型。
GIS栅格文件：常见的图像文件和空间地理栅格文件，如ArcMap的adf文件、带有高程信息的tiff文件、Golden Software的grd文件、bmp/jpg/png图像文件等。
GMS地下水模拟文件：GroundWater Modeling System（GMS）是主流的地下水水流溶质运移模拟界面，其工程文件一般附带h5数据文件，用户可尝试使用EnviFusion对此类h5数据文件进行读取。
ModFlow2000/2005模型输出文件：ModFlow是主流的地下水流模拟引擎，其输出文件包含了空间各处的水头数据，入口文件后缀一般为nam、mfn、in等。由于各厂家自行生成的ModFlow变种较多，请用户仔细尝试，确定适合自己的文件入口。
MT3DMS模型输出文件：MT3DMS是主流的地下水溶质运移模拟引擎，其输出文件包含了空间各处的溶质浓度信息，入口文件后缀一般为cnf。
数字高程文件（dem）：dem文件格式是美国地调局（USGS）开发的数字高程模型文件。
关于输入文件的更多详情请参阅“导入外部数据源”章节。
点击最近文件，EnviFusion将显示用户最近打开过的30个文件。选中输入图层后点击重新打开文件，系统将尝试从存储介质中刷新输入文件。若输入文件类型为文本系列文件，点击本选项时将打开如下菜单，若仅需刷新工程中的现有文件，请选择“重新导入现有文件”；若当前输入图层为文本文件系列模式且文件系列发生改变，可选择“寻找新文件”选项以刷新文件系列。
打开EnviFusion工程
一个完整的EnviFusion项目包含丰富的图层树及其设置，所有这些设置都可以保存在EnviFusion工程文件（efp后缀）中。值得注意的是，EnviFusion并不保存外部数据源，而是仅仅保存了输入文件的位置，以及这些数据源文件进入EnviFusion后的树状结构。点击“打开EnviFusion工程文件”菜单项，出现以下界面供用户选择工程文件。
选中所需工程文件后，点击确认键，将弹出以下界面。
用户可以选择使用绝对路径打开工程，此时系统将按照工程文件中给定的绝对文件路径打开工程文件。
若用户在上次保存后移动过数据源文件，将会出现读取错误。此时用户应选用逐一指定数据文件模式，如下图所示。
对话框中将出现工程中所使用过的所有外部输入文件，请用户逐一确认这些源文件的路径是否正确，随后点击确定按钮导入工程。
若此项目涉及到的输入文件较多，且都在同一文件夹下，用户可选择“相对路径”的方式，选择对应的文件夹，无需逐一指定输入文件，如下图所知。
在对工程进行编辑操作后，可点击“保存EnviFusion工程”菜单项保存所有工程设置。
保存EnviFusion工程
此选项可保存创建的EnviFusion工程项目(*.efp)，单击后，界面如下：
保存图层数据
EnviFusion工程可以包含多个图层，绝大多数图层都位于某个图层树的中间位置，这意味着要正确渲染本图层，必须首先渲染其上游的所有图层。这一特性为EnviFusion带来巨大灵活性，但也导致一定的计算资源冗余。如果用户确定不再需要本图层之前的所有图层，可以考虑将本图层单独保存成为图层数据文件（efd后缀）。例如粒子追踪工具一般会消耗大量计算资源，从而需要较长时间渲染，此时可以将渲染结果图层保存为单独的图层文件。如果用户需要，也可以在EnviFusion工程中保留除粒子追踪工具之外的图层树，用以保留工程灵活性。选中需要保存的图层后，点击“保存数据”菜单项将弹出如下对话框。
选择合适的保存路径及文件名后，点击确认将弹出如下对话框。
压缩算法：EnviFusion包含若干种压缩文件算法（LZ4、ZLib、LZMA等），默认为ZLib算法，是事实上的业界标准。
压缩比：默认为6。
保存所有时间步：选中后系统将为每个时间步生成一个独立文件，放在与efd文件匹配的数据文件夹（后缀为.data）中。若不选中，系统将仅保存当前时间步的图层数据文件。
用户也可以选择以更为基础的格式来保存当前图层文件，用于与外部程序做数据交换。此时可以选择以逗号/制表符分隔的文本数据格式来保存图层文件，此时弹出如下对话框。
保存所有时间步：选中后系统将为每个时间步生成一个独立文件，每个文件将使用用户指定的时间后缀做区隔。
时间后缀：请指定时间后缀的printf格式，如输入“_%.3d”可以生成_001,_002等形式的后缀。
数值精度：请指定浮点数的数字精度。
使用科学计数：选中以强制使用科学计数法存储数字。
保存动画
用户在动画面板完成动画轨的编辑，并且使用播放工具条测试播放后，可以使用保存动画的功能生成视频文件，单击保存动画菜单时弹出如下窗口。
用户可以选择将动画保存为avi视频文件，也可以选择将动画保存为一系列图片文件。点击确认后，弹出保存动画选项对话框。
分辨率：请指定动画分辨率，默认为当前3D渲染视图尺寸。
字体缩放：请指定动画中的字体是否保持固定，默认为按比例缩放字体。
强制背景色：请指定是否为3D渲染窗口强制指定背景色。
立体模式：请指定是否为动画视频添加立体效果。EnviFusion支持红蓝3D立体视频，如选中将以红蓝双眼模式录制视频。
分辨率：EnviFusion支持三档分辨率（0，1，2），默认为1。
帧数：每秒钟所渲染的帧数，默认为20。
截取：默认为动画面板中规定的帧数总体范围。用户可以根据帧数截取视频中的一部分。
发布至网络
EnviFusion支持将当前视图中的全部可见图层打包发布为在线浏览格式。导出的文件后缀为epub格式，此种类型的文件可以在此网站（http://envifusion.osw.net.cn）打开，从而达到网络分享3D模型的效果。
如上图所示，当前工程中包含十余个可见图层，其中除标注类图层外，其它图层均具有3D结构。使用发布至网络功能后，可以将这些图层的3D结构打包为epub类型文件。
点击“发布至网络”菜单项，使用如上图所示的对话框设置保存文件的名称和路径。
若某些图层中使用了用户导入的材质，可以打开“写入材质”选项，确保系统在打包时同步将材质图像写入文件。
在网络浏览器中访问envifusion.osw.net.cn网页，点击“打开3D文件按钮”，选择epub文件，并进行导入。
此时保存在epub文件中的各个图层将展示在浏览器中，用户可以通过左侧导航栏对色彩和渲染方式等做简单设置。
联机资源
EnviFusion支持在线下载联机类地图资源，点击此菜单进入联机资源界面。
此时可以通过点击数据源切换不同的地图数据提供厂商。
常见卫星地图和街道地图提供方包括百度、高德、腾讯、必应、天地图等，用户可根据需求自行选择。此外北水国际还根据SRTM卫星航天飞机雷达地形测绘数据提供高程服务和水系服务。
在指定的地图源中使用“下载区域”创建矩形或者多边形区域，双击区域可以查看不同级别在线资源图片的拼接大小。
了解每一级别对应的拼接图片资源大小后，点击取消退出下载配置对话窗体。在窗体右侧对话框中指定下载精度。
点击下载并拼接按钮，即可将下载区域中的指定图源按照指定精度下载至本机。下载格式有两种：png纯图像格式和geoTiff带投影图像格式。后者可以直接在EnviFusion中按照投影格式打开。
若需选择系统预制的政区区域，可直接点击区域下载选项卡，并选择相应的政区进行下载。
系统支持使用指定图源进行兴趣点（POI）查询，如下图所示，选择省市信息后可直接根据关键词进行查询。点击保存可以将查询所得的兴趣点按照经纬度保存在Excel文件中。
若用户需自行导入自定义散点，可首先准备一个微软Excel文件，此文件应至少包含两列数据，表头分别为Longitude和Latitude。点击数据操作->导入经纬度散点菜单项，可以将用户自定义兴趣点导入地图。
在线更新
EnviFusion支持在线获取最新补丁包或程序。由于自动更新需要关闭主程序，点击此按钮后系统会首先提醒用户备份当前工程。
单击确定后，EnviFusion程序将关闭，并开启更新程序。
若软件已经是最新版本，系统会提示没有需要更新的内容。
导出
导出为PDF：将当前视图显示导出为PDF格式。
导出为SVG：将当前视图显示导出为SVG格式，可用浏览器打开。
导出为VRML：将当前视图显示导出VRML（虚拟现实）格式，可用包含此插件的浏览器，或专业工具打开。
保存界面布局
用户在熟悉EnviFusion的操作后，可以选择保存自己习惯的界面布局，包括工具条的位置，以及工具面板的群组关系。在文件菜单中点击保存界面布局时，弹出如下对话框。
选择适宜的保存位置和文件名后，点击确认可以保存当前界面的布局。界面布局发生更改后，用户可以通过打开之前保存的界面布局文件（后缀为ewl）来导入窗体布局。
关闭工程与退出
用户可以选择关闭工程命令来回到EnviFusion打开的原始状态，此命令将清空所有图层与工程并新建一个全新工程。请在此之间保存当前工程，以免数据丢失。单击退出菜单以彻底退出EnviFusion程序。